Table 3.   Human-Horse Comparative Gene Map Using Synteny, Linkage and in Situ Hybridization (127 Genes)

Hsaa
 Locus
 Locus name
 ECAb
 Methodc
 Btad
 Mmue
 Fcaf
 Sscg
1p36.2 NPPA natriuretic peptide precursor, A 2 S 16 4  ---  ---
1p36.2-p36.13 PGD phosphogluconate dehydrogenase 2p12 I,L 16 4 C1 6q2.2 q2.5
1p31 PGM1 phosphoglucomutase 1 5 L 3 5 C1 6
1p13.1 NGFB nerve growth factor, beta   5 S 3 3  --- 4q1.6-q2.3
1q21 GBA glucosidase,beta , acid 5 S 3 3  --- 4
1q23-q25.1 AT3 antithrombin III 5 S 16 1  ---  ---
1q31
 LAMC1
 laminin, C1
 5
 S
 16
 1
  ---
  ---
2p25 ODC1 ornithine decarboxylase 15q27 I  --- 12  ---  ---
2p21 CAD carbamoylphosphate synthetase 15q25 I  --- 1  ---  ---
2p21 SPTBN1 spectrin, beta , nonerythrocytic 1 15 S  --- 11  ---  ---
2q14 IL1B interleukin 1, beta 15 S 2 2 3q1.1-q1.4
2q12-q14 PAX8 human paired domain 15 S  --- 2  ---  ---
2q21 LCT lactase-phlorizin hydrolase 15q21 I  --- 1  --- 15q1.3
2q32.1 MSTN myostatin 18 S 2 1  ---  ---
2q24-q32 CHRNA cholinergic receptor, nicotin, alpha 18 S 2 2  ---  ---
2q31-q32 NEB nebulin 18 S 2 2  ---  ---
2q33-34 CHRNG cholinergic receptor, nicotin, gamma [6] S 2 1  ---  ---
2q34
 FN1
 fibronectin 1
 [6]
 S
 2
 1
  ---
  ---
3p24.3-24.2 RARB retinoic acid receptor, beta 16 S  --- 14  ---  ---
3p21.33 GLB1 galactosidase, beta , 1 16 S  --- 9 B3  ---
3q21-q24 RHO rhodopsin 16 S 22 6  ---  ---
3q21 TF transferrin 16q23 S 1 9  --- 13q3.1
3q21-q23 LTF lactotransferrin 16q I 22 9  ---  ---
3q21-q24 CP ceruloplasmin 16 S 1 9  --- 13q3.2-q3.3
3q28
 SST
 somatostatin
 19
 S
 1
 16
  ---
  ---
4p16.3 FGFR3 fibroblast growth factor receptor 3 S 6 5  ---  ---
4q11-q13 ALB albumin 3q14 S,I 6 5  --- 8q1.2
4q12 GC group specific component 3 L 6 5  ---  ---
4q12 KIT mast cell growth factor receptor 3q21 L,I 6 5 B1 8p12-p21
4q12 PDGFRA platelet derived growth factor A 3q21 I, L 6 5  --- 8p12
4q22 ADH2 alcohol dehydrogenase 2 3 S 6 3  ---  ---
4q22 ADH3 alcohol dehydrogenase 3 3 S 6 3  --- 8
4q26-q27 IL2 interleukin 2 2 S 17 3 B1 8
4q28
 FGG
 fibrinogen, gamma  polyp
 2
 S
 17
 3
  ---
 8
5p13 IL7R interleukin receptor 7 21 S  --- 15  ---  ---
5p13-p12 GHR growth hormone receptor 21 S 20 15  --- 16q1.3-q1.4
5p14 C9 complement component 9 21 S 1  ---  --- 16q14
5q11-q12 CTLA3 cytotoxic T-1 assoc serine es 3 21 S  --- 13  ---  ---
5q13 HEXB hexoseaminidase b 14 S 20 13  ---  ---
5q21-q23 CAMK4 calmodulin depend. Prot. kinase 4 14 S  --- 18  ---  ---
5q31.1 CSF2 colony stimulating factor 2 14 S 7 11  --- 5
5q31-q32 SPARC secreted pro, ac, cyst-rich 14 S 7 11  ---  ---
5q32-34 ADRB2 adrenergic receptor, beta 2 14 S 7 18  ---  ---
5q33.2-q33.3
 CSF1R
 colony stimulating factor 1 receptor
 14
 S
 7
 18
 A1
  ---
6pter-p21.1 CLPS colipase 20 S  --- 17  --- 7
6p25-p24 F13 coagulation factor 13, A 20q13 L,I 23  ---  --- 4
6p21.2 PIM1 Pim-1 oncogene 20q24 I  --- 17 B2  ---
6p21 HLA major histocompatibility complex 20q L,I,S 23 17 B2 7
6p21.3 CYP21 cytochrome P450 20 L 23 17  --- 7
6p21.3 C4 complement component 4 20 L 23 17  --- 7
6p21.3 TNFA tumor necrosis factor, A 20 S 23 17  --- 7p1.1-q1.1
6q13 COL9A1 collagen type IX, alpha -1 20q24 S  --- 1  ---  ---
6q24-p23 EDN1 endothelin 1 20 S  --- 13  --- 7p1.3-p1.2
6q12 ME1 malic enzyme 10q12 S,I 9 9 B2 1
6q21.1-q23 CGA glycoprotein hormone, alpha  chain 10 S 9 4  --- 1
6q21-q22.3 COL10A1 collagen, type X, alpha  1 10 S  --- 10  ---  ---
6q25.1 ESR estrogen receptor 31q15 S 9 6  --- 1p2.5-p2.4
6q26 PLG plasminogen 31 S  --- 17  ---  ---
7p15-p14 TCRG T-cell receptor, gamma  subunit 4 S 4 13 A2  ---
7q11.2 ELN elastin 13 S 25 5  ---  ---
7q11.23-q21 GUSB glucuronidase, beta 13 S 25 5 E3  ---
7q31.3 LEP leptin 4 S 4 6  --- 18
7q36
 EN2
 Engrailed 2
 4
 S
  ---
 5
  ---
  ---
8q11 DNAPK DNA protein kinase, catalytic sub. 9p12 S  --- 16  ---  ---
8q24
 TG
 thyroglobulin
 9
 S
 14
 15
  ---
  ---
9p22 IFNA1 interferon, alpha -1 23 S 8 4  --- 1
9p21 IFNB1 interferon, beta -1 23 S 8 4  --- 1
9p13 CNTFR ciliary neurotrophic factor receptor 23 S 8q21 4  ---  ---
9q31 TXN thioredoxin 25 S 8 4  ---  ---
9q33
 GRP78
 glucose-regulated protein
 25
 S
 11
 2
  ---
 1q2.12q2.13
10p13
 VIM
 vimentin
 29
 S
 13
 2
  ---
 10
11p15.3-p15.1 PTH parathyroid hormone 7 S 15 7  --- 2
11p15.5 HBB hemoglobin beta 7 S 15 7 D1  ---
11p15 TUB Tubby 7 S  --- 7  ---  ---
11p15.5 IGF2 insulin-like growth factor 2 12q14 S,I 29 7  ---  ---
11q12 CD20 CD20 antigen 12 S  --- 19  ---  ---
11cen-q13 ADRBK1 adrenergic receptor beta  kinase 1 12 S  --- 19  ---  ---
11q22 PR progesterone receptor 7p16 I  --- 9  ---  ---
11q23.3 THY1 Thy-1 T-cell surface antigen 7 S 15 9  ---  ---
11q23
 DRD2
 dopamine receptor D2
 7
 S
  ---
 9
 ---
12p12.2-p12.1 LDHB lactate dehydrogenase B [28] S 5 6 B4 5 q12
12q13.3 PFKM phosphofructokinase m [6] S 5  ---  ---  ---
12q21 PEPB peptidase B [28] S 5 10 B4 5
12q22-q24.1 IGF1 insulin-like growth factor 1 [28] S 5 10  --- 5q2.5
12q24 IFNG interferon gamma [6] S 5 10  --- 5p1.1-q1.1
12q24.2
 TCF1
 transcription factor 1
 [8]
 S
  ---
 5
  ---
  ---
13q14.1-q14.2
 RB1
 retinoblastoma
 17
 S
 12
 14
  ---
  ---
14q11 MYH6 myosin, heavy 6 1 S  --- 14  ---  ---
14q11.2 CHY Chymase, mast cell 1 S  --- 11  ---  ---
14q13.1 NP nucleoside phosphorylase 1q26 S,I 10 14 B3 7q2.1-q2.2
14q32.1
 PI/AAT
 protease inhibitor/AAT
 24q15
 L,I
 7
 12
  ---
 7q2.4-q2.6
15q22-qter MPI mannose phosphate isomerase 1 S 21 9 B3 7
15q22-qter CYP1A2 cytochrome P450, subf. I, polyp. 2 1 S  --- 9  ---  ---
15q25-q26 IGF1R insulin-1 growth factor 1 receptor 1 S 21 7  --- 1q1.7-q1.2
15q26.1 IDH2 isocitrate dehydrogenase 2 1 S  --- 7 B3  ---
15q26.1
 FES
 feline sarcoma virus homologue
 1
 S
 21
 7
 B3
  ---
16pter-p13.3 HBA hemoglobin A 13q I,L  --- 11  ---  ---
16p24.3 MC1R melanocortin receptor 3p12 L,S,I 18 8  ---  ---
16q13-q22.1 CES1 carboxylesterase 3 L  --- 8  ---  ---
16q21 GOT2 glutamate oxaloact. transam., mito 3p15 I,L  --- 8  ---  ---
16q22.1
 HP
 haptoglobin
 3
 L
 18
 8
  ---
  ---
17q11.2 EVI2A ecotropic viral integration site2A 11 S  --- 11  ---  ---
17q11.2 NF1 neurofibromatosis 1 11 S 19 11  ---  ---
17q21 MYL4 myosin, light chain 4 11 S 19 11
17q22-q24 GH growth hormone 11 S 19 11  --- 12p1.2-p1.5
17q23.1-q25.3 HYPP hyperkalemic periodic paralysis 11 S  --- 11  ---  ---
17q25 P4HB prolyl-4 hydroxylase beta 11 S 19 11  ---  ---
18p11.32
 TS
 thymidylate synthetase
 [8]
 S
 24
 5
  ---
  ---
19p13.3-p13.2 C3 complement component 3 7pter I,S  --- 17  --- 2p17-p14
19cen-q13.2 A1BG  beta globulin, A1 10 L  ---  ---  ---  ---
19q13.1 GPI glucose phosphate isomerase 10pter I 18 7  --- 6q12
19q13 CRC calcium release channel 10pter I 18  ---  --- 6q12
19q13
 CKM
 creatine kinase, muscle
 10
 S
 -
 7
  ---
  ---
20pterp12 PRNP prion protein 22 S 13 2  ---  ---
20q11.2 GHRH growth hormone releasing hormone 22 S 13 2  ---  ---
20q11.2 ASP agouti signaling protein 22q15 S,I  --- 2  ---  ---
20q13.11 ADA adenosine deaminase 22 S 13 2 A3  ---
20q13.2
 GNAS1
 guanine nucleotide-binding protein
 22
 S
 13
 2
  ---
  ---
21q22.3 MX1 myxovirus resistance 26q17 I 1 16  --- 13
21q22.3
 ETS2
 avian erythroblastosis virus onc. 2
 26q17
 I,S
 1
 16
 C2
  ---
22q13.31-qter ARSA arylsulfatase A [28] S  --- 15  ---  ---
22q13.1
 CYP2D
 cytochrome P450, subfamily IID
 [28]
 S
 5
 15
  ---
  ---
Xp11.21 ALAS2 anemia, hereditary sideroblastic X S  --- X  ---  ---
Xq27.1-q27.2 F9 coagulation factor 9 X S X X X X
Xq28 G6PD glucose 6 phosphate dehydrogenase X S X X X X
Xq28 BGN biglycan X S  --- X  ---  ---
Xq28 F18 factor 18 Xq29 S,I  ---  ---  ---  ---
a Data retrieved from Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Johns Hopkins University, Baltimore, MD (March 1999). Full references are available at http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/.
b ECA assignment as in Shiue et al. (1999). In bold, physically assigned markers.
c Method: (I) In situ hybridization; (L) linkage; (S) synteny. Full references available at http://www.vgl.ucdavis.edu/horse.
d Data retrieved from Bovmap Database, INRA, Laboratoire de Génétique Biochimique et de Cytogénétique de Jouy-en-Josas (March 1999). Full references are available at http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl. and The Cattle Mapping Database (ARKDB), Roslin Institute, UK (March 1999). Full references available at http://www.ri.bbsrc.ac.uk/cgi-bin/arkdb/browsers/browser.sh?species=cattle
e Data retrieved from Mouse Genome Informatics (MGI) Resource, Mouse Genome Informatics, The Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine (March 1999). Full references are available at http://www.informatics.jax.org/.
f Data retrieved from O'brien et al. (1997b).
g Data retrieved from PiGBASE, Roslin Institute, Edinburgh, UK (May 1998). Full references are available at http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/pigbase/pigbase.html.